Настройте второй сканер так же, как первый (режимы COM или HID). В настройках драйвера сканера нажмите «Добавить устройство».
В открывшейся форме нажмите «Добавить» и при желании дайте каждому устройству своё название.
Для нового устройства задайте настройки в зависимости от оборудования, режима работы и способа подключения. Устройств может быть больше двух; таким же образом добавляются не только сканеры, но и ридеры.