Группа настроек добавляет или редактирует программы и сертификаты электронной подписи для отправки документов в ГИС. Электронная подпись позволяет убедиться, что документ не менялся с момента подписи; юридически значимый (квалифицированный) сертификат выдаёт только удостоверяющий центр, а для подписи и шифрования нужна ещё сторонняя программа — криптопровайдер. Флаг «Электронная подпись» включает подписи, «Шифрование» — шифрование файлов. Команда «Настройки электронной подписи и шифрования» доступна при включённых флагах.
Все сертификаты для подписи и шифрования и заявления на выпуск нового. «Показать» — отбор своих (по умолчанию все). Отбор по «Состояние заявления»: «Любое», «Не подготовлено», «Подготовлено», «Отправлено», «Отклонено», «Исполнено, сертификат не установлен», «Исполнено». Меню «Добавить»: «Из установленных на компьютере» (можно и при подписании) или «Заявление на выпуск сертификата». Просмотр — двойной щелчок, «Изменить» или «Еще».

Программы, используемые в информационной базе (включая все узлы распределённой базы); на всех компьютерах они не обязательно должны стоять, а несколько программ на одном компьютере могут конфликтовать. Сразу есть ViPNet CSP и КриптоПро CSP; можно добавить Microsoft Enhanced CSP, ЛИССИ CSP, Сигнал-КОМ CSP или другую, указав имя, тип и алгоритмы по инструкции производителя. «Результат проверки» показывает, установлена ли программа и корректно ли. Ссылка «Инструкция по работе с программами электронной подписи и шифрования» ведёт в раздел 1С:ИТС.
Для серверных баз: «Проверять подписи и сертификаты на сервере» — проверка идёт на сервере, не нужно ставить программу на каждый компьютер; «Подписывать и шифровать на сервере» — подпись, шифрование и расшифровка идут на сервере. На каждый компьютер, где работает сервер 1С или веб-сервер с файловой базой, нужна программа и сертификат с закрытым ключом.
Расширения для зашифрованных файлов и файлов подписи; переключатель «При сохранении данных в файл вместе с электронной подписью»: «Сохранять все подписи» или «Спрашивать» (выбор подписей из списка).